La comarca se encuentra en su totalidad dentro de la Cuenca Hidrográfica del Guadiana.

Embalses

Es una claramente notoria la importancia de los embalses dentro de la comarca. Hoy en día han convertido a La Siberia extremeña en la comarca española con más kilómetros de costa dulce.

Aparte de estos grandes embalses, algunos pueblos de la comarca disponen de otros embalses más pequeños para abastecimiento del municipio. Es el caso de los embalses de Valdecaballeros, Dehesa de la Nava, Fuenlabrada, Moheda Alta o Los Establos, entre otros.

Ríos, arroyos y acuíferos

En La Siberia podemos encontrar agua de los ríos, arroyos, embalses y también bajo su superficie, en reservas de agua que conocemos como “acuíferos” o “manantiales”. Algunos de estos acuíferos están siendo explotados comercialmente debido a la excelente calidad de sus aguas.

Los principales ríos de La Siberia son:

Río Guadiana y afluentes: Río Estena y arroyos Canalija, Grande, de la Chorrera, Valmorro, Robledillo, del Benazaire, Sotillo, de Peloche, del Quejigal, de los Ardales, de Valdefuentes, Tamujoso, de San Román, de Valmayor, de Valdegavilán, de Valdenmedio, de Horadado, de Santa Bárbara, Valsecas, Casas, de los Malos, de Bodeguillas, Hermoso y el río Guadalupejo.

Río Zújar (afluente directo del Guadiana) y sus propios afluentes: Ríos Esteras, Siruela y Guadalemar; y arroyos del Chorreón, Grande, de la Dehesa, de la Cela, de Serrano, de la Horca, de Sanjuanilla, de los Majadales y de los Carneros.

Además de estos ríos principales, La Siberia está surcada por pequeños pero numerosos arroyos que nacen en las altas sierras y discurren aumentando su caudal hasta llegar a otros cauces mayores. Estos ríos principales tienen agua todo el año, mientras que la gran mayoría de los arroyos son intermitentes o temporales y algunos se secan en verano.